Interessant: nach der Theorie würde sogar noch mehr fehlen als nur die eine unvollendete Fuge - immerhin fünf weitere Stücke wären noch dazugekommen (insgesamt 25). Der Aspekt, daß Bach am Ende die Fugentechnik dafür verwendete, ihr übliches Schema auseinanderzusprengen, ist sicherlich ein Schlüssel zum Verständnis der Kunst der Fuge.
Aber was für ein Chaos bei der Rekonstruktion der geplanten Reihenfolge: 1-11 ist machbar, aber ab 12 immer wieder Umstellungen oder Auslassungen. Das merkt man auch bei den unterschiedlichen Einspielungen, die es sehr individuell handhaben.
jd 
Nur, um das noch einmal deutlich zu machen: Die neuere Forschung zweifelt nicht mehr an der Tatsache, dass die KdF für ein Tasteninstrument geschrieben wurde.
Auch Wiki referiert das:
Originalbesetzung
Weder im Bachschen Autograph noch im Erstdruck der Kunst der Fuge finden sich Angaben zur Instrumentierung des Werkes. Folglich wurde viel über die von Bach vermeintlich intendierte Instrumentalbestimmung spekuliert, starb der Komponist doch vor Abschluss der Drucklegung der Erstveröffentlichung.
Heute ist die Tasteninstrument-These wissenschaftlich nicht mehr ernsthaft umstritten. So führt etwa Christoph Wolff in seiner 1987 erschienen Klavierausgabe des Bachschen Werkes aus:
„Die tasteninstrumentale Bestimmung der Kunst der Fuge ergibt sich […] nicht nur aufgrund ihres historischen Kontextes (Partiturnotation polyphoner Tastenmusik galt seit Scheidt und Frescobaldi als Konvention), sondern insbesondere aus ihrer Faktur, die konsequent auf Manualiter-Spielbarkeit Rücksicht nimmt.“
– Christoph Wolff[12]
Neben der Spielbarkeit für zwei Hände gelten heute als wesentliche Argumente für ein Cembalowerk auch stilistische Kriterien, die namentlich Gustav Leonhardt herausgearbeitet hat.[13] Den Standpunkt von Wolff und Leonhardt unterstützt auch ein neuerer Dokumentenfund, ein Subskriptionsaufruf vom 7. Mai 1751, wohl von Carl Philipp Emanuel Bach verfasst. Dieser führt zu Notation und Spielbestimmung des väterlichen Werkes folgendes aus:
„Da darinnen alle Stimmen durchgehends singen, und die eine mit so vieler Stärcke, als die andere ausgearbeitet ist: So ist iede Stimme besonders auf ihr eigenes Systema gebracht, und mit ihrem gehörigen Schlüssel in der Partitur versehen worden. Was man aber für besondere Einsichten in die Setz-Kunst, so wohl in Ansehung der Harmonie, als Melodie, durch Anschauung guter Partituren erlange, bezeigen dieienigen mit ihrem Exempel, die sich darinn hervorzuthun das Glück gehabt haben. Es ist aber dennoch alles zu gleicher Zeit zum Gebrauch des Claviers und der Orgel ausdrücklich eingerichtet.“
– Carl Philipp Emanuel Bach[14]
Schön zusammengefasst auch beim Amazon-Rezensenten Hyacinthus zu Koroliovs Einspielung
Das Gerücht, Bach habe die "Kunst der Fuge" für kein bestimmtes Instrument komponiert, geistert immer noch durch die Köpfe gewisser Musikliebhaber, dabei wurde schon durch Gustav Leonhardts Studie von 1952 eindeutig bewiesen, dass das Werk für ein "Clavier" zu zwei Händen entstand, mit Ausnahme der für vierhändiges Spiel auf einem "Clavier" gedachten Bearbeitung der Spiegelfuge Contrapunctus 13. Jeder Zweifel an der instrumentalen Besetzung der Kunst der Fuge wird durch das 1992 entdeckte "Avertissement" über den Druck der Kunst der Fuge ausgeräumt: "Da darinnen alle Stimmen durchgehends singen", ist jede Stimme "besonders auf ihr eigenes System gebracht, und mit ihrem gehörigen Schlüssel in der Partitur versehen worden". Wenn das Werk für ein wie auch immer zusammengesetztes Ensemble geschrieben worden wäre, wäre diese Bemerkung überflüssig gewesen. Weiter unten wird betont, dass trotz der Partitur-Notation "aber dennoch alles zu gleicher Zeit zum Gebrauch des Claviers und der Orgel ausdrücklich eingerichtet" ist. Zu den erst im 20. Jahrhundert als unspielbar geltenden Dezimengriffe in den Spiegelfugen sei gesagt, dass im Jahre 1765 F. W. Mapurg, ein Schüler Bachs, darauf hinwies, dass man bei mehrstimmigen Sätzen Nonen- oder Dezimengriffe "mit dem kleinen Finger und dem Daumen machen muß" und man diesen Umfang nicht weiter ausdehnen könne. Bach hält sich im gesamten Werk exakt an die Dezimengrenze. Die Kunst der Fuge ist also eindeutig ein Klavierstück für einen einzigen Spieler zu zwei Händen.
Das gilt für das Musicalische Opfer BWV 1079 ebenso wie für die Kanons BWV 1072-1078 bzw. 1086-1087: sie lassen sich alle auf Tasteninstrumenten realisieren, aber eben auch auf anderen Instrumenten; man muß es nicht mal neu einrichten. Bei diesen Werken steht die Kontrapunktik eher im Vordergrund als z.B. in den Orchesterwerken, weil hier die polyphone Durchführung wesentlich wichtiger ist als die klangliche Realisierung von verschiedenen Instrumenten im Zusammenklang. Die aufführungsbedingte Realisation des Satzes - die Praxis - soll die Kontrapunktik des Satzes - die Theorie - besonders hervorheben; deshalb scheint es Bach nicht so wichtig gewesen zu sein, eine Besetzung anzugeben. Daß hier ein Tasteninstrument die beste spielbare Möglichkeit bietet, schließt dennoch nicht aus, daß andere Besetzungen genausogut funktionieren können.
Ich hatte mich früher auch gefragt, warum diese Werke woanders eingeordnet sind als bei Clavierwerke - jetzt aber sehe ich die Besonderheit dieser Werke, die über die reine Praxis hinausreicht.
Bei diesen Werken steht die Kontrapunktik eher im Vordergrund als z.B. in den Orchesterwerken, weil hier die polyphone Durchführung wesentlich wichtiger ist als die klangliche Realisierung von verschiedenen Instrumenten im Zusammenklang.
Unbedingt. 
Ich bin auf der Suche nach Einspielungen in denen der Interpret/die Interperten die Schlußfuge vollendet hat/haben (Instrumentierung egal). Theoretische Ansätze zu einer Ergänzung gibt es ja zur Genüge:
Walter Kolneder zählte bereits bis 1977 zwanzig derartige Ansätze, z. B. von Donald Francis Tovey. An neueren Versuchen ist der von Zoltán Göncz beachtenswert, auch Helmut Walcha, Kalevi Aho, Rudolf Barschai, Maurits Reynen, Henryk Dyhr und Tudor Saveanu stellten jeweils eigene Ergänzungen fertig.
Bekannt sind mir bislag diese Produktionen:
Bernard Foccroulle
Davitt Moroney
Kennt jemand weitere Einspielungen?
Lionel Rogg (Organist):
Helmut Walcha (Organist):
Erich Bergel (Dirigent):
Paul Jordan [mit Erich Bergel] (Organist)
Brioso BR 128 (2 CDs)
Michael Ferguson (Organist):
Birolius Editions 1001/2 (2 CDs)
Das sind diejenigen, von denen erwähnt wird, daß sie als Komplettierungen eingespielt wurden; es kann aber sein, daß es noch weitere gibt, die ich aber nicht gefunden habe.
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Hier ist die Komplettierung von Zoltán Göncz, gespielt von Gyula Szilágyi in der Waalse Kerk, Amsterdam:
Danke, auf Rogg und Bergel hätte ich auch selbst kommen können, na ja. Als peinlich stellt sich die Situation auch bei Walcha dar, da ich mich erst gestern mit den CDs 11 und 12 (KudFu) befasst habe, die Schlußfuge in Walchas Bearbeitung sich allerdings auf CD 6 befindet, 
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Neues (Erneutes - 1969 noch Sekundant von Gustav Leonhardt) von Bob van Asperen:
Aufgenommen in der Georgskirche im ostfriesischen Weener. Für die Spiegelfugen gesellt sich van Asperens früherer Schüler, Bernhard Klapprott, hinzu.
Ich bin auf der Suche nach Einspielungen in denen der Interpret/die Interperten die Schlußfuge vollendet hat/haben (Instrumentierung egal).
Wenn ich nicht irre: Ghielmi:
Übrigens eine sehr schön instrumentendurchmischte Version ... damals erworben wegen des Hammerflügels ...
