Ob überhaupt und falls ja: welche Werke Bach für das Pedalcembalo konzipierte, ist stark umstritten; explizit m. W. wohl nicht eines. Während seiner Konzerte im Zimmermannschen Caféhaus stand jedenfalls ein Pedalcembalo von Zacharias Hildebrandt zur Verfügung und dies wurde bei den Konzerten auch regelmäßig eingesetzt. Offenbar hat kein originales Pedalcembalo (resp. ein entsprechender Unterbau) die Zeiten überlebt, so daß ein Nachbau nach einem Vorbild offenbar nicht möglich ist und das Experimentieren für heutige Clavier- und Cembalobauer vor neuem begann ... (wobei: die Hammerflügelbauer werden bei den Pedalcembali Anregungen gefunden haben; insofern kann man heute den Spieß umdrehen).
Es gab wohl verschiedene Bauweisen, oftmals wurde der Pedal-Unterbau nachträglich hergestellt und entsprechend auf das Manual-Instrument individuell angepasst. Bereits das Clavichord wurde zu Übungszwecken für Organisten um einen Pedalteil erweitert; eine erste Erwähnung eines Pedalclavichords wird mit A.D. 1460 angegeben.
Sinn und Zweck der „Erfindung" des Pedalclaviers im Allgemeinen war es wohl, Organisten eine Übe-Möglichkeit zu geben, ohne krankheits- und todesmutig arsch arg kalte Kirchen heimsuchen zu müssen. Eine Alternative waren reine Übe-Pedale, die keine Verbindung zu einem klangerzeugenden Objekt hatten; man konnte somit nur stumm die Technik einstudieren; ich besaß ein solches Teil dereinst ... im Prinzip waren das normale Orgelpedale, die von ihrer Mutter getrennt waren. Bei Bach persönlich gehe ich allerdings davon aus, daß er als Kantor/Organist täglich mit seiner Orgel beschäftigt war und solch ein Pedalcembalo nicht separat benötigte, zumal viele Orgeln dieser Zeit m. W. ohnehin nicht über Pedale verfügten ...
Auch die späteren Hammerclavierbauer befassten sich mit dem Pedalunterbau; Mozart beispielweise soll so einen Unterbau für seinen Walter-Flügel besessen haben - es wird berichtet, daß er in Konzerten darauf fantasierte, frei improvisierte; auch hier: ein explizit für solch ein Instrument komponiertes Werk ist nicht überliefert (KV 466 gibt im originalen Notentext ggfs. einen Hinweis, aber dies muß an dieser Stelle nicht vertieft werden). Erst Robert Schumann und Franz Liszt (vor ihnen der weniger bekannte Boëly) komponierten eigens Werke für Pedalflügel.
Wie dem auch sei, als Übe-Instrument wurde es allgemein (von Bach?) verwendet und wenn es bei Konzerten zur Verfügung stand, wird Bach darauf ebenfalls improvisiert und/oder das eine oder andere Orgelwerk dargeboten haben. Insofern haben Einspielungen und Darbietungen von Orgelwerken auf dem Pedalcembalo m. E. eine absolute Berechtigung (und mir persönlich ist das klanglich sogar lieber).
Quellen:
http://jc-neupert.de/de/node/26
https://de.wikipedia.org/wiki/Pedalklavier